Tutoriel : mise à jour de R

Quand on utilise R, il arrive parfois qu’on ait besoin de réaliser une mise à jour du logiciel. Cette situation intervient généralement lorsqu’on souhaite utiliser un nouveau package qui n’est disponible que pour une version ultérieure à la version qu’on possède.

La semaine dernière deux lecteurs du blog m’ont demandé comment faire pour mettre à jour leur version de R. J’ai donc décidé d’écrire un article, pour montrer aux débutants, comment faire une mise à jour de R en pas à pas.

 

1. A propos de la mise à jour

En général, il y a entre 4 et 5 versions de R mises à jour par an.

Il n’est pas nécessaire de désinstaller l’ancienne version avant d’installer la nouvelle, puisqu’il est tout à fait possible conserver plusieurs versions de R sur votre ordinateur. Les versions sont contenues dans des dossiers différents, comme ici sur mon PC actuel :

Garder les anciennes versions peut même être utile pour faire tourner un script qui nécessiterait un package qui lui n’est disponible que pour une ancienne version de R !

A ma connaissance, il existe deux méthodes de mise à jour de R.

Une méthode “manuelle” qui consiste à télécharger l’exécutable de la nouvelle version de R, à partir de CRAN, puis à l’installer en double cliquant dessus. Le problème de cette méthode est qu’ensuite, il est nécessaire de ré-installer tous les packages que vous utilisez.

La seconde méthode, consiste à faire cette mise à jour via le package installr, mais celui-ci ne concerne que le système windows. Il existe, a priori, un équivalent sous Mac avec le package updateR, mais je ne l’ai jamais utilisé.

L’avantage de faire la mise à jour de R avec le package intsallr, c’est que vos packages aussi sont réinstallés et mis à jour. Il suffit de suivre les instructions qui apparaissent à l’écran.

 

2. Mise à jour manuelle

  • Fermez R Studio
  • Allez sur le site de CRAN
  • Choisissez le lien vers votre système d’exploitation (Linux, Windows ou Mac)
  • Cliquez sur “installR for the first time”

  • Cliquez sur download pour télécharger l’exécutable

  • Une fois l’exécutable chargé, double cliquez dessus pour lancer l’installation. Dites oui à tout.
  • Quand l’installation est terminée, ouvrez Rstudio
  • Vérifiez que la version utilisée par R Studio est bien la nouvelle version en utilisant la commande:

 

  • Si ce n’est pas le cas, changez la version à utiliser

Pour cela, allez dans le menu Tools –>  Global Options –>  Change

 

Le problème avec cette méthode, c’est qu’ensuite, il faut re-installer tous les packages que vous utilisez , par exemple avec tidyvesre:

 

 

 

3. Mise à jour avec le package installr

Pour cela :

  • Installez le package

 

  • Utilisez la commande updateR()

 

  • Une nouvelle série de fenêtres vont alors apparaître pour :
    • Vous informer si une nouvelle version est disponible.
    • Vous demander si vous voulez lire les nouveautés de cette nouvelle version
    • Vous demander si vous voulez installer la nouvelle version (d’autres fenêtres vont apparaître pendant l’installation, vous pouvez dire oui à tout)
    • Si vous voulez copier les packages de l’ancienne version dans la nouvelle version : dites oui
    • Si vous voulez garder les packages de l’ancienne version (qui sont dans leur dossier library) : dites oui.
    • Si vous voulez copier votre fichier Rprofile.site : dites oui.
    • Si vous voulez aussi mettre à jour les packages dans la nouvelle version : tant qu’à faire mettez aussi les packages à jour en disant oui !
    • Si vous voulez ouvrir le Rgui.exe de la nouvelle version : cela ne me semble pas nécessaire, vous pouvez dire non.
    • Si vous voulez quitter R Studio , sachant que le workspace (les objets, les data de votre environnement) ne sera pas sauvé. Dites oui, si vous n’avez rien à sauver. Sinon dites non, sauvez votre travail et fermez Rstudio.
    • Réouvrez R Studio et vérifiez la version utilisée, en utilisant la commande sessionInfo(), comme expliqué plus haut :

 

Si jamais, pour une raison ou une autre la mise à jour avec installr ne fonctionnne pas, pas de panique ! Utilisez simplement la première méthode et ré installer vos packages !

J’espère que ce court tutoriel permettra aux débutants de ne plus appréhender cette mise à jour de R, et qu’il leur permettra de la réaliser sans encombres !

Et si cet article vous à plu, ou vous a été utile, n’hésitez pas à le partager 😉

 

crédit photo : geralt

 

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13 commentaires

  1. GBOHOUI Yetchékpo Patrick Répondre

    Merci pour tout;
    J’ai suivi toutes les étapes jusqu’à la fin; mais voici le message final
    Error in loadNamespace(name) : there is no package called ‘yaml’
    Error in loadNamespace(name) : there is no package called ‘yaml’

    De plus quand, après redémarrage de R, je vérifie la version utilisée, c’est toujours le 3.5.1.

  2. guefassa youcef Répondre

    b.jour Claire
    Merci,c’est une publication très utile pour nous.

  3. AKOUNDA Badjibassa Répondre

    Bonjour Claire
    Merci pour les publication très utiles pour nous. Dieu vous bénisse

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