Petite introduction à l’épidémiologie

questionnaire en épidémiologie

 

L’épidémiologie est une discipline, qui à mon sens, est difficile à définir simplement parce que son champs d’application est plutôt vaste, et que ces délimitations avec les biostatistiques et la recherche clinique ne sont pas toujours nettes. La définition anglo-saxonne proposée par wikipedia me semble à la fois synthétique et relativement précise : “Epidemiology is the study and analysis of the distribution (who, when, and where), patterns and determinants of health and disease conditions in defined populations”, c’est-à-dire ; “L’épidémiologie est l’étude et l’analyse de la répartition (qui, quand et où), des caractéristiques et des déterminants de la santé et des maladies, dans des populations définies”.

Un peu comme je l’avais fait pour les analyses statistiques, je vous propose ici un petit article d’introduction à l’épidémiologie.

Je présenterai, dans un premier temps, les trois branches principales de l’épidémiologie, puis je présenterai les enquêtes épidémiologiques analytiques (ou étiologiques), en montrant quelles fonctions utiliser sous R pour estimer leurs principaux paramètres.

 

1. Les trois branches de l’épidémiologie :

L’épidémiologie peut, grossièrement, être divisée en trois branches :

1. l’épidémiologie descriptive, qui vise à faire “l’état des lieux”, à un moment donné, d’un phénomène de santé (une maladie par exemple) notamment en termes de fréquence – que l’on appelle prévalence. Cette description peut être réalisée en fonction de certaines caractéristiques de la population (hommes / femmes), en fonction du temps (descriptions annuelles) ou encore géographiques (par département). Un exemple pourrait être l’étude de la prévalence des infections respiratoires en Ephad, dans les différents départements français.

2. l’épidémiologie analytique (ou étiologique) : qui vise à étudier les liens entre une exposition à un (ou plusieurs) facteurs de risque potentiels, et la survenue d’une maladie. Par exemple, l’étude du lien entre une exposition à l’amiante et la survenue d’un mésothéliome. L’épidémiologie étiologique est elle-même divisées en trois groupes d’études, selon la façon dont sont inclus (ou sélectionnés) les sujets :

  • les enquêtes de cohortes : dans lesquelles les sujets sont sélectionnés en fonction de leur exposition, ou non-exposition, au facteur de risque étudié.
  • les enquêtes cas-témoins : dans lesquelles les sujets sont sélectionnés en fonction de leur atteinte, ou non-atteinte, par la pathologie étudiée.
  • les enquêtes transversales : dans lesquelles les sujets ne sont sélectionnés ni sur leur statut vis-à-vis de la maladie, ni sur leur statut vis-à-vis de l’exposition au facteur de risque.

Remarque : Le terme “enquêtes épidémiologiques” est souvent employé à la place du terme “études épidémiologiques” car les données étudiées doivent être recherchées (dans des registres par exemple) ou encore être obtenues à partir de questionnaires.

3. L’épidémiologie évaluative, qui vise à évaluer les actions de prévention, ou de traitement (par exemple l’évaluation du programme de dépistage du cancer du sein).

 

Au final, l’épidémiologie tient une place centrale en santé publique. En effet, les enquêtes épidémiologiques permettent d’identifier les problèmes de santé et de caractériser leur importance. Cela permet ensuite aux dirigeants politiques de prendre des décisions, notamment dans la mise place des actions préventives et/ou curatives au niveau de la communauté. Enfin l’efficacité de ces actions est, à son tour, évaluée par des enquêtes épidémiologiques, dans le but d’être améliorées.

 

2. La prévalence et l’incidence

De nombreux indicateurs sont utilisés en épidémiologie. Parmi ces indicateurs, la prévalence et l’incidence tiennent une place particulièrement importante, notamment parce qu’ils permettent ensuite de calculer d’autres indicateurs plus spécifiques, comme le risque relatif ou l’odds ratio.

2.1 La prévalence

Elle est définie comme ceci :

$$ \text{Prévalence =} \frac{\text{nombre de cas observé à un instant t}}{\text{population à risque à cet instant t} } $$

Cet indicateur est compris entre 0 et 1, ou peut être exprimé sous la forme d’un pourcentage.

 

2.2. L’incidence (ou taux d’incidence) :

Cet indicateur mesure la vitesse d’apparition de nouveaux cas (d’une maladie, ou d’une infection par exemple)

$$\text{Incidence cumulee} = \frac{\text{nombre de nouveaux cas pendant une periode } \Delta_{t}}{\text{population a risque pendant la periode }\Delta_{t}}$$

La période de temps est généralement journalière, mensuelle, ou annuelle : cela dépend de la dynamique de la maladie étudiée.

Cet indicateur est compris entre 0 et 1, ou peut être exprimé sous la forme d’un pourcentage.

L’incidence correspond au risque moyen de contracter la maladie ou l’infection étudiée.

 

3. Les enquêtes étiologiques

Comme exposé précédemment, les enquêtes étiologiques ont pour but d’étudier le lien entre un facteur de risque (par exemple le tabagisme) et la survenue d’une maladie (le cancer du sein par exemple).

 

3.1 Traitement des données

A chaque sujet inclus dans une enquête étiologique est donc associé son statut vis-à-vis de l’exposition au facteur de risque étudié, et son statut vis-à-vis de la maladie étudiée, comme ceci par exemple :

data épidémiologie

Pour analyser les données recueillies lors d’enquêtes étiologiques, celles-ci sont généralement représentées sous la forme d’une table de contingence, comme ceci :

table de contingence en épidémiologie

Très souvent le code suivant est adopté dans les tables de contingences:

  • les malades sont nommés M+,
  • les non malades sont nommés M-,
  • les sujets exposés sont nommés E+,
  • les sujets non exposés sont nommés E-.

 

Comme ceci :

table de contingence en épidémiologie